根据除尘器的结构形式不同，脉冲喷吹除尘器设计有2种清灰方式：即在线清灰与离线清灰。
1.在线清灰
高压脉冲空气从电磁脉冲阀通过输气管从喷吹孔高速喷出，穿过除尘布袋上方的文丘里管的颈部，包括诱导的二次空气，冲向滤袋内部，沿滤袋长度方向产生短促的脉冲压力波，将沉积在滤袋表面上的粉尘剥离下来，粉尘落入灰斗，干净气体通过净气室排除机外。当电磁阀断电时，脉冲阀膜片关闭、止断高压脉冲气流，一次清灰结束。
在线清灰的问题是高压脉冲空气生成的是与主气流逆向的高压气流冲过滤袋使滤袋产生抖动，除去滤袋表面上聚集的粉尘，成片的粉尘落入位于除尘器下部的灰斗中，再经卸料装置排出机外。在此过程中，高压脉冲空气要克服主气流的阻力，其强度势必被削弱。除尘器的有效过滤面积也瞬间（毫秒计）减少。从工业角度看，此面积减少对工艺系统产生的影响是可以忽略不计的。近年来，在线清灰方式的除尘器，已被广泛应用于各种焊烟、粉尘飞扬的工业工作场所。
2.离线清灰
离线清灰要求除尘器设计为多室组合的形式，实现逐室清灰。当某过滤室需要清灰时，该过滤室与主气流隔离开来，过滤室被隔离是通过设置在进气口或者出气口的阀门实现的。这个过程大约保持2～3min。这样的结果导致每一次清灰操作过程中除尘器的总过滤面积（或称为毛过滤面积）被降低了一个室的滤布面积，总过滤面积的减少也导致有效过滤面积（或称净过滤面积）的降低，显然是不经济的，增加了基建投资，与业主愿望相左。从这方面来讲不如在线清灰好。但是，从主气流中隔离开对滤袋实施清灰，从技术上说又有许多优点：
①穿过滤袋的高压脉冲空气量不必很大即可有效清灰，且所需压力较低。
②从滤袋表面被清除下来的成片粉尘有足够的时间降落入灰斗，再次飞扬的几率很小。
③清灰频率下降，滤袋寿命得以延长。
④配置脉冲阀数量较少，可减少一次投资和维护工作量。
⑤清灰所需压缩空气量较少，节省电能。
⑥清灰效率高，除尘器能保持较低的压力降，其结果是使除尘系统的运行费用下降。